我院与省疾控中心、牛津大学及ARTIC团队等合作在CELL上发表解析新冠病毒在广东省的传播规律究文章
2020年07月06日来源:原创 浏览次数:

   

近期,我院联合广东省疾控中心、牛津大学及ARTIC团队等合作解析新冠病毒在广东省的传播规律研究中取得重大进展,研究结果以《Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China》为题于416日在Cell在线发表。

 

研究通过对广东省新冠疫情防控期间测定的53条病毒全基因组序列结合其流行病信息进行病毒传播链的分析,展示了广东省针对新冠病毒的疾病防控措施是如何有效的控制病毒输入后的传播链条。本研究结果同时为其它地区开展新冠病毒测序分析并科学解释序列结果提供了极有价值的参考。

               53SARS-CoV-2病毒全基因组信息及其对应的病例信息


研究描述了广东省经历的新冠疫情的三个不同时期:早期主要为湖北地区的输入病例,随后是本地病例数量的增加并得以控制,以及三月份以后国外输入病例数量的增加。在不同时期,广东省采取了不同的监测策略,通过大范围监测结合密切追踪和严格隔离应对新冠疫情的暴发。截止2020319日,广东省通过地市CDC,定点医院,第三方检测机构,共在约160万例检测中确诊了1,388COVID-19病例。其中三分之二(1014例)具有湖北旅行暴露史,336例可能与本地传播相关。病例主要集中在广州和深圳两大中心城市(图A)。

依据测定的新冠病毒序列,研究人员开展了对病毒在广东省传播特点的分析。序列信息表明多数广东的病例序列(红色圆点表示)散布在整个进化树中,中间穿插着其他地方或国家的序列(图C)。这个结果表明多数广东的COVID-19病例为不同区域的输入感染而没有形成本地连续的以及大范围的传播疫情。同时,我们也可以发现5个主要由本地序列形成的簇(图C A-E),如果仅从进化关系上可能认为这些序列对应的病例是本地传播形成(图B&D)。但通过流行病学调查发现cluster中的多数序列都有湖北旅居暴露史。这些观察到的广东病例簇可能是多个同源或高度同源的输入病例形成。因此,在SARS-CoV-2病毒传播的速度要远快于其序列突变的速度的情形下,如果没有系统的连续的疫区病例基因数据和相关的流行病学数据支持,对进化关系分析结果易产生错误的因果关系判断。

研究第一作者为广东省公共卫生研究院陆靖、刘哲以及牛津大学的Louis du Plessis和爱丁堡大学的 Verity Hill。通讯作者为牛津大学的Oliver G Pybus和广东省疾病预防控制中心的柯昌文。该研究由广东省新冠病毒科技计划项目(2020111107001)、广东省协同创新平台(2018B020207006)和广东省重点研发项目(2019B111103001)资助。合作单位包括广东省第二人民医院,广州市CDC,深圳市CDC,佛山市第一人民医院,英国ARTIC团队。

供稿:陆靖 刘哲