为提高新冠肺炎等传染病的应对能力及预警技术水平,广东省公共卫生研究院于2021年8月10日-8月13日在广州举办了国家级继续教育项目“基于R语言的新冠肺炎疫情时空分析及预测预警技术培训班”,来自包括中国疾控中心、云南疾控中心、南宁疾控中心、北京大学、中山大学、湖南师范大学以及省内各地级市疾病预防控制中心在内的五十多名专业技术人员、研究人员及学生参加了本次培训班。
本次培训班由我院环境与健康研究室刘涛主任医师和肖建鹏副主任医师共同主持。课程还邀请了暨南大学基础医学与公共卫生学院马文军教授和中山大学公共卫生学院杜志成博士讲授。马文军教授以新冠肺炎防控为例,从实际应用出发,介绍大数据在传染病预测预警的应用与展望。杜志成博士细致地介绍了空间扫描技术以及传染病传播动力学建模基础。此外,我院刘涛主任医师、肖建鹏副主任医师、李杏主管医师、何冠豪博士、胡建雄医师、殷李华工程师基于R语言分别从不同角度深入浅出地讲解了传染病数据分析相关知识。
在四天的培训中,培训课程以新冠肺炎疫情时空分析及预测预警为主题,首先讲解了R语言入门及数据处理,为公共卫生监测数据整理和分析奠定基础。其次,详细地介绍了传染病的潜伏期、代际时间、基本再生数、有效再生数的计算方法,以及传染病时间序列预测和时空聚集性等分析方法,为进一步讲解传染病的建模分析提供技术支撑。然后,从传染病传播动力学模型角度,由浅及深地讲解了传染病SIR和SEIR模型以及基于出行矩阵的时空传播动力学模型,为传染病的防控效果和风险评估提供了思路和方法。最后,生动细致地讲解了疫情地图以及leaflet在线交互地图的绘制,展现了R语言在空间数据和传染病数据可视化方面的强大功能。
本次培训班以“线上+线下”的授课方式,全案例教学,通过R语言代码来介绍方法的实现,实操性强,同时分享了在大数据环境下如何利用时空数据对新冠肺炎等传染病做出预警预测的方法,确保学员学以致用,为新冠肺炎以及其他传染病的防治提供技术支持。
(图一)培训现场
(图二)讲师风采
(图三)讲师风采