当前，如何精准、快速掌握人群中新冠病毒的动态分布与流行特征，及时发现病毒新的变异型别及重要变异位点是新冠疫情预测预警与防控工作的重点。相关研究已证实新冠病毒可经消化道排出，通过监测城市污水中新冠病毒的浓度与型别，有助于及早发现新变异株，有效反映新冠病毒在人群中的动态分布与流行特征；更能与临床监测互补，了解不同基因型在重症病例及普通人群中的分布差异。
广东省公共卫生研究院自2013年起开展城市污水诺如病毒不同基因型监测，已有效证明通过污水监测可提前发现新的诺如病毒基因型别，并通过其在水中的丰度变化进行预警，有关论文已发表在国际期刊（LuJ etal., Water Research, 2021）。基于前期工作基础，我院进一步完成污水新冠病毒监测全流程解决方案，并将复杂的污水病毒浓缩富集步骤自动化。该方案有以下特点：一是为适应污水病毒基因组碎片化的特点，建立靶向扩增片段为250-300bp的多重PCR扩增方法，通过MiniSeq进行PE150测序，同时部署分析流程到本地IPH-Nano分析软件，后期将进一步在云端部署。二是可在10小时内完成12份污水新冠病毒的浓缩富集、核酸提取、序列扩增与高通量测序文库构建。三是满足30小时完成从污水样本到新冠病毒分析报告全流程操作，为后期开展污水的新冠病毒监测工作提供重要的技术支撑。
我院计划于2023年上半年面向全省开展相关技术培训班，详情请留意我院官方发布。
图1. 测试7份不同污水样本Ct值
图2. 基于多重PCR扩增后测序，各样本的基因组覆盖度。除sampleF样本（超过荧光定量PCR检测限）外，其他样本都获得较高测序覆盖度（82%-96%）。
图3. 不同样本的新冠病毒基因型分布及丰度变化。
